En 1014, el rey navarro Sancho III el Mayor puso el monasterio de Donostia en manos del abad de Leire y obispo de Iruñea. Casi un siglo después, concretamente en 1101, otro monarca navarro, Pedro I, confirmaba dicho documento. Durante esos siglos, dicho monasterio ejerció no sólo de centro espiritual sino también administrativo de la naciente vida social de la población navarra de la zona.
Sancho VI el Sabio otorgó la carta fundacional a la villa de Donostia en torno a 1180, siguiendo el modelo de los fueros navarros de Jaca y Lizarra y convirtiéndolo a su vez en el fuero marítimo de Navarra. El núcleo de la población se agrupó a los pies del monte Urgull, y dio cuerpo al principal puerto navarro, ante la dificultad de utilizar el de Baiona, inutilizado por las arenas provenientes de las playas de Las Landas. Muchos armadores y comerciantes gascones de Baiona se instalaron en Donostia.
Sancho VII el Fuerte ordenó amurallar la villa donostiarra en el año 1194 y preparar nuevas defensas para el castillo de Santa Cruz de la Mota, situado en la posición estratégica y privilegiada de Urgull, defensa natural de la zona desde los tiempos de Sancho III el Mayor.
En 1200 las tropas castellanas de Alfonso VIII invadieron la comarca navarra que hoy se conoce como Gipuzkoa. La defensa de la villa costera fue realizada por el tenente o funcionario real, Juan de Bidaurre. Donostia ofreció una dura defensa a las tropas castellanas, que finalmente se apoderaron de la villa y principal puerto navarro.
Alfonso X de Castilla y León, mostrando un cierto arrepentimiento, permitió la utilización por parte del reino de Navarra de su antiguo puerto de Donostia. Se cree que en 1245 ese rey de Castilla y León habría devuelto la villa al rey de Navarra, Teobaldo II el Joven.
Carlos II de Navarra entró en 1350 en Gipuzkoa, con la ayuda de los leales a la soberanía navarra, siendo el señor de Oñate, Beltrán Belaz de Guevara, el más representativo de los mismos. Con ello, Donostia recupera la independencia al retornar al Estado vasco(n) de origen, Navarra, aunque fuese por corto espacio de tiempo.
A pesar de la larga ocupación española, en la actualidad aún existen navarros en la ciudad costera. La Sociedad Motako Gaztelua ha convocado a la población a un nuevo acto, el día 25 de julio, en el monte Urgull, para recordar los orígenes y las referencias de esta ciudad vasca.
