La protección de los Sotos del Ebro de Alfaro queda garantizada al ceñirla a los límites de la Reserva Natural. Así lo establece la Directriz de Protección del Suelo No Urbanizable, nuevo documento del Gobierno de La Rioja que ajusta la protección de los Sotos, además de preservar los paisajes vitivinícolas y áreas esteparias riojabajeños como Paisajes Agrarios de Interés. Además, incluye dentro de esta protección como nuevos espacios de la categoría Áreas de Vegetación de Ribera del Ebro, las de Aldeanueva de Ebro y Rincón de Soto; en la categoría Riberas de Interés Ecológico o Interés Ambiental, los espacios del río Alhama en Alfaro, y del río Ebro en Alfaro, Aldeanueva y Rincón de Soto; e incluye como Zonas Húmedas la alfareña yasa de Cofín.
