Contra el inicial recelo de la compañía de Jesús en contra de añadir entre sus tareas las docentes, reflejado en la primera versión de las Constituciones (1541) con la frase, "no estudios ni lecciones", las noticias exitosas de la fundación de un colegio en 1543 que llegaban desde Goa, por parte de San Francisco Javier, hicieron reflexionar profundamente a Ignacio acerca de si añadir una dimensión educativa convenía o no a la Compañía. Hoy conocemos el resultado de su decisión.
Los “colegios” jesuíticos fueron, inicialmente, poco más que residencias cercanas a universidades en las que los miembros de la compañía que recibían formación moraban, a la vez que captaban vocaciones (París -1540-, Padua -1542-, Coimbra -1542-, Valencia -1544-, Valladolid -1545-, Bolonia -1546-, Barcelona -1546-, Colonia -1546-, Alcalá -1547- y Salamanca -1547-).
Pero muy pronto se dedicaron estos “colegios” a la docencia: primero para los propios jesuitas y luego para todo tipo de alumnos.
En Tudela, fue en 1600 cuando se fundó el que fue el primer colegio de los Jesuitas, el de San Andrés, en el actual edificio de Castel Ruiz.
En la interesante tesis doctoral de Fermín Sanchez Barea, dirigida por el Catedrático Javier Vergara (ambos actualmente profesores de la UNED) y titulada “El colegio jesuítico de Tudela en la Edad Moderna: Fundación, Personas y Biblioteca” (UNED, Madrid, 2007), se detalla un estudio del perfil prosopográfico y procedencia de los jesuitas del antiguo colegio de Tudela. En él se refleja que no hubo un gran contingente de jesuitas navarros enseñando en Tudela: sorprende que la comunidad colegial estuvo conformada por personas de variopinta procedencia y que solo treinta y tres padres y hermanos tuviesen su cuna en el viejo reino de Navarra durante toda la existencia del colegio.
El hecho de que poco más de siglo y medio más tarde, los jesuitas empezaran a ser expulsados de las principales monarquías católicas, excepto de la del Imperio Austríaco -en 1759 fueron expulsados de Portugal, pocos años antes habían sido expulsados de su colonia de Brasil, en 1762 de Francia y en 1767, por medio de la Pragmática Sanción, Carlos III ordenaba su expulsión de España- marcó el devenir de los colegios, y, también, de el colegio de San Andrés.
El 2 de abril de 1767, 146 casas de los jesuitas fueron cercadas al amanecer por soldados del ejército español. Un día después, el colegio de Tudela cerró.
Tuvo que pasar más de un siglo para que la ciudad volviera a tener un colegio de la orden. A finales del siglo XIX, se dio un cambio de titularidad de una iglesia del siglo XVI (1517-1541) sita en la antigua plazuela de la era de adentro de la desaparecida Morería, que había pertenecido a un monasterio de Dominicos a la compañía de Jesús. Los jesuitas la transformaron notablemente, a la vez que construyeron el nuevo colegio anejo al templo, entre 1887 y 1891, momento de su inauguración. Se lo dedicaron al santo navarro, San Francisco Javier. El primer curso reunió a un total de 54 alumnos entre internos y externos.
Tras unos años de continua expansión y florecimiento, la tercera expulsión de España de la orden, en 1932, en tiempos de la Segunda República Española, hizo que el colegio pasara a ser un Instituto público hasta que en 1936 se restituyó el edificio a la compañía. Continuó su expansión gracias, ya en 1953, a la creación de Escuela Profesional de San José (la actual E.T.I), que, treinta años después, en 1984, pasó a ser gestionada por el Gobierno de Navarra.
