Navarra ha mejorado la contaminación de sus aguas por nitratos de origen agrario.
Los nitratos son muy importantes dentro de los abonos para las plantas, pero supone a su vez una fuerte carga de contaminación de difusa dentro de las aguas. Esta contaminación se produce por un exceso en la fertilización de los cultivos y por la inadecuada gestión de los residuos procedentes de las explotaciones ganaderas, potenciándose especialmente en áreas con pocas precipitaciones. Navarra cuenta con tres zonas vulnerables a la contaminación por nitratros, con una superficie aproximada de 237 km2. Para prevenir esta contaminación existe un servicio de asesoramiento desde el gobierno.
La mejor forma para contribuir a las mejoras es realizar fertilizaciones más ajustadas en función de las necesidades de los cultivos y conocer el terreno en el que se cultiva.