Acoge en total 749 piezas, de las que 569 son nuevas. Se trata de restos arqueológicos del periodo comprendido entre el 300.000 a.C. y el 400 d.C., que correctamente excavados, estudiados e interpretados permiten saber cómo eran los pobladores más antiguos de Navarra. Además, los domingos hasta el 15 de mayo, a las 12 horas, se desarrolla un programa de puertas abiertas con visitas gratuitas a la sala de Prehistoria.
