La Dirección General de Cultura ha declarado Bien Inventariado a una serie de órganos navarros en razón de su valor artístico. Entre ellos se encuentra la caja del órgano de Villafranca. Otros ejemplares declarados Bien Inventariado en la zona son el de Andosilla y el de Lodosa.
Su declaración como tales les confiere un grado de especial protección sobre el resto de los bienes que forman parte del patrimonio cultural de Navarra, referida especialmente a la conservación, mantenimiento y difusión de los mismos, lo que incluye también la obligación administrativa de velar por una utilización adecuada.
